吡蚜酮廢水作為高濃度有機廢水，同時也是農藥廢水之一。其采用的處理方法，主要是以生物法處理為主，物化法作為生化前的預處理。由于吡蚜酮廢水的特性，進行生物處理時，不宜直接進行，需要先進行一定的預處理，再進行生物處理。這是常規的農藥廢水處理的方法，經過大量的實踐所得出的結論。

經過物化預處理的吡蚜酮廢水，將懸浮物質和難降解的物質進行有效去除。后面就正式進入吡蚜酮廢水生物處理。而吡蚜酮廢水生物處理方法采用的不是單一的生物處理，而是采用厭氧-好氧組合處理工藝。原因是，單一的生物處理法無法達到排放標準。而組合處理工藝是有效將吡蚜酮廢水的COD、BOD等去除外，還能在工藝中增加缺氧池，對廢水起到脫氮除磷的效果，這個也是現今對廢水排放作出的新的標準。

常規的農藥廢水生物處理方法有AB活性污泥法、SBR法、MBR工藝、生物濾池等。

而吡蚜酮廢水與傳統的農藥廢水是有一些差異的，采用傳統的生物處理方法，會產生建筑面積較大，成本增加，后期維護較復雜等缺點。為了使得整個吡蚜酮廢水處理方法能達到預期的效果，并且，滿足吡蚜酮生產廠家的要求。在傳統的農藥廢水生物處理方法中進行改進，采用更為先進有效的方法，如A2/O法（在AB活性污泥法中改進而來）、CASS法（在SBR法演變而來）、曝氣生物濾池等等。具體需要根據成本預算。廠家需求等選擇不同的生物處理方法。

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